Faglige nøgleord: Bacteria, Machine Learning, AI, Biology, Epidemiology, Food Science, Phylogeny, Disease, Foodborne diseases, Disease control/prevention, bioinformatics, algorithms, HPC, computational methods.
Oplæg tilgængeligt på: Dansk og engelsk
Mit PhD projekt handler om hvordan vi kan bruge AI og avancerede algoritmer til at identificere vigtige genetiske markører der er afgørende for Salmonellas evne til at inficere mennesker.
Salmonella er en bakterieart der eksisterer i flere forskellige typer, og det er almindeligt at gruppere den efter "serotype". De forskellige serotyper har forskellige præferencer ift. hvilken vært den helst inficerer. Nogle Salmonellaer er primært i kvæg, nogle i høns, og andre i svin. Og det er heller ikke dem alle der har lige nemt ved at inficere mennesker. Mens nogle salmonella typer er meget farlige overfor mennesker, så er der andre der er helt harmløse for os. Men denne gruppering i serotyper eller underkategorien "ST-typer" er ikke altid lige hensigtsmæssig. Der er tidligere set eksempler på salmonella bakterier der er i samme ST-type-gruppe men som ikke har samme evne til at inficere mennesker.
Vi ved at al hvad bakterien kan og er står skrevet i dens DNA. Det er bare ikke ligeså let at læse som en almindelig bog, så det er nødvendigt at udvikle computer-algoritmer der kan dechifrere disse koder. Min opgave er at finde ud af hvordan vi kan udnytte kunstig intelligens og avancerede computer-algoritmer til at forudsige om en given Salmonella bakterie vil være farlig for mennesker eller ej- udelukkende ved at kigge på dens DNA.
Jeg hedder Mette og jeg gik på Stenhus Gymnasium fra 2014 til 2017. Jeg har en kandidat i Bioinformatik fra DTU og startede PhD i Januar 2026.